肾结石在尿道的移行过程中引起尿路梗阻、导致局部损伤、出现泌尿感染等并发症。
1、尿路梗阻：一般可造成梗阻以上部位积水，如下输尿管结石可造成中、上输尿管及肾盂积水。结石的梗阻通常是不完全性梗阻，若双侧输尿管或尿道梗阻则可出现尿闭，严重者发展为尿毒症。
2、局部损伤：小结石活动度大，局部损伤较轻。大而固定的结石，可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生，以致间质纤维化。移行上皮长期受结石刺激后，可发生鳞状上皮变性，多年后引起鳞状上皮癌。结石常损伤血管，引起血尿。
3、感染：结石合并的感染，在结石排出或取出前，是很难治愈的。这种感染可发生肾盂肾炎、肾积脓、肾周围炎及肾周围脓肿和膀胱炎等。值得注意的是，感染可进一步加速结石的增长和肾实质的损害。
4、肾组织为脂肪组织代替：肾结石发生肾盂肾炎时，肾组织破坏后可为脂肪组织所代替。
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